對於代理教師的流動性高，近年來許多縣(市)政府及學校反映，人力的流動往往影響學校教育品質與政策推動的延續性，且對於校內提升教師專業能力的教師專業社群運作也是一大隱憂；家長也表示，若是擔任學童導師的是代理教師，師資的不穩定，對親師的互動與學生學習適應及生活輔導都有負面的影響。

教育部為回應各界意見，最近已修正中小學兼任代課及代理教師聘任辦法，在學校擔任 3 個月以上的代理(課)教師，若表現優良且具教師證者，就可以免經公開甄選由學校直接再次聘任。如此，若在中小學擔任 1 年 1 聘的代理教師，就可在同一校任滿 3 年，其所任教的班級更不用年年換老師，對學生學習權益更有保障。

此外，此次辦法的修訂，也讓藝術才能班聘任具藝術專長之兼任教師有法源依據，只要藝術才能班兼任教師具有藝術相關專長，學校就可聘任，不像修法前對於聘任藝術才能班兼任教師之兼任未能有明確規範，徒增學校聘任教師之困擾。

教育部國教司表示，已修訂之中小學兼任代課及代理教師聘任辦法，可將優質的代理教師留在學校，穩定校園師資，亦增加具有教師證之代理教師至偏鄉服務及留任之誘因。